这事还没完呢，不等起义军攻占孔子老家曲阜，朱由校的新军，以及登莱援军是不会轻易踏足该地的。否则一个小小的景州县，不至于需要新军两个师一万六千人花费三个月去彻查白莲教余孽了。

当然，平叛工作还是要做的，毕竟运河山东段被截断，也影响了漕粮运输。为此，除了让山东巡抚赵彦召募兵丁，汇集乡勇，加紧训练。同时，命‘归家养病’的山东沂州人，大同镇总兵杨肇基为山东省提督，集结济南府周边几个州府的官兵八千人与济南府泰安州；山东都司杨国盛、廖栋集结青州府卫所兵五千余集结于青州府蒙阴县，两路兵马随时准备进入兖州府。

同时，江苏省精简过后的京军两万余在后军都督魏国公徐弘基、前军都督怀远侯常胤绪等勋贵的率领下，沿运河挥师北进，进驻徐州府。防止义军向南进入江苏地界。

三月末，准备就绪的南京京军进入山东地界，四月初，京军攻下藤县，歼敌五千余，俘虏六万。诛叛军首领周念庵、孟先汉二人。

义军南进之路被堵，于是徐鸿儒派沈智率领万余义军西进济宁州、金乡县等地，逼近河南地域，准备到河南再拉一支义军起来。

被驻守二地的官兵击败，无奈退回巨野、郓城二地。西南道路被堵，加上义军中部分将领的怂恿，徐鸿儒在四月中旬领兵三十万北上进攻兖州府、曲阜县。几乎可以说是倾巢而出，不给自己留退路。

义军一路北上，沿途再次吸纳了数万百姓，使得义军兵力达到了三十五万之多。兖州的参将张榜，曲阜知县孔闻礼，纷纷封死城门，据城固守待援。

攻占藤县的江南京军并没有第一时间北上，而是在藤县开始了剿匪行动，势必要将当地的每一寸土地上的白莲教都连根拔起。气的困守兖州府和曲阜县的鲁王和孔家火冒三丈，又无可奈何。

守城战持续到了六月，曲阜县率先告破，孔府遭到了灭顶之灾。全府上下连同投降义军的家眷共计一千余被叛军全部处决，县令孔闻礼以下数十名官吏全被斩首，嫡系继承人孔胤植亦死于乱军之中。

七月初，在兖州城堪堪将破之时，援军终于姗姗来迟。总兵杨肇基领都司杨国盛、廖栋率鲁军三万一日便解了兖州之围；江南京军攻破邹县，新军一、二师，联手夺回了巨野、郓城二县，三路大军在八月份将二十余万叛军包围在了曲阜。

与此同时，为了响应徐鸿儒的起义，泽县的康傅夫率众起事；河南汝宁府固始县李恩贤起义，声援徐鸿儒，四川白莲教徒也纷纷起义。可惜都在早有准备的朝廷手上没有讨到好处，第一时间就被官军给镇压了下来。

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