九月份，徐鸿儒粮尽援绝，突围不成而被俘。除了其本人被押解到京师斩首示众之外，白莲教一干主犯六千余人被山东巡抚赵彦在曲阜斩首，他还把战死的起义民众以及无辜被杀的平民尸体都收集起来，筑为“京观”，立碑为记，借以恐吓民众，“稗后之人观之曰，此固向者妄窃名号，自干天诛者也，其谁复敢逞狼心而奋螳螂哉！”

历时七个月的白莲教起义彻底被官军剿灭，一时之间，邹、滕、郓、峄一带，户口大减，一片“流亡壁立少炊烟”的残破景象。

据不完全统计，此次起义，包括地震伤亡，死伤叛军、官军、百姓共约三十万余人，白莲教胁从五十万余人将被分别押往辽东、远东以填补两地。

战前人口为六百八十万的山东，在天启三年人口统计时，不光人口增长到了八百万，连田亩都比战前多了三百万亩，光孔孟两家就贡献了一百五十万亩。

这些人口与田亩仅仅只是遭受兵灾、地震祸害的鲁南地区，这样扩散至全国，还有多少倍藏匿的田亩和人口？

对此，朱由校是大发雷霆，他更是扬言要派新军去全国十七个省彻查田亩、人口之事，为了安抚皇帝的情绪，以及堵住天下悠悠重口，无奈的内阁在天启三年中开始了长达三年的理清全国田亩、人口的普查工作，不过这也只是后话了。

......

叛乱终于得以平息，衍圣公的传承不能断，虽然文官集团对于救援不力的皇帝颇有怨言，但最终还是胳膊肘拧不过大腿，只能在孔系子孙中寻找继任者，经过一番查找，还真找到了一位。那就是万历四十七年进士科榜眼孔贞运，这位孔子第六十二代传人。

这也是朱由校非常认可的一位官员，崇祯皇帝在煤山吊死之后，此人与衍圣公孔胤植做出了不同的选择，他悲壮的为大明朝殉葬了。所以，同样是孔子传人，没道理在主脉完全断掉的前提下，不能由他来继承衍圣公的爵位。

没有任何犹豫，朝廷最终封孔贞运为第六十三代衍圣公。

当孔贞运踏入曲阜一个月之后，他主动上书朝廷，言明，希望朝廷恢复衍圣公两千公顷禄田，换算下来不过才二十万亩而已，不仅如此，连佃租户也恢复到五百户。也就是说，他主动提出将多出来的八千公顷历代衍圣公强取豪夺而来的田产还给百姓，同时，更是与十万佃租户取消雇佣关系，还他们自由。

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