此后周鹤芝参与福建、浙江两地的抗清活动，又跟随郑成功抗清。

后来，周鹤芝再次跟随郑成功投靠顾横的新军。他们在福清、长乐沿海登陆，一度攻下海口、镇东两城和长乐松下等地，后再次转战海坛岛，一直到彻底打败清军，顾横建立新大明。

在顾横的海军第二军中，周鹤芝只是海盗抗清的一个典型。在当时有很多海盗参与了抗清活动。

其中主要因素是清朝初年满清的上层统治者的血腥残酷的统治使得大批汉人民众反抗。

另外就是海盗中的一部分有良知的人对满清的统治深恶痛绝，甚至在福建出现了海盗和山寇联合发动了莆仙之战对抗清军的攻势，也就是土匪和海盗联合在一起抵御满清的进攻，以至于清朝将这些人怒斥为“山海寇”，这在中国古代历史上也是稀奇之事。

其实，郑成功在此后的抗清生涯中，他也利用自己家族的势力联合大量的海盗对抗清朝统治者，这使得大量的海盗投身于反清复明的行动当中。

当然，积极抗清，支持大明的海盗，基本都被顾横吸纳到新军中，成为海军中的一员了。

若无顾横和新军，历史上的福建长乐的海盗集团本来就一直支持郑成功的的抗清活动。

顺治七年、顺治十一年，长乐海盗一直骚扰清朝的沿海边境。

康熙元年，郑成功出兵台湾攻打荷兰殖民者时，长乐海盗频繁进攻清朝，使得清朝无力联合荷兰人进攻郑成功。

广东地区也是海盗联合郑成功的重要根据地。

大明原游击官黄海如伙同陈斌进入潮州海域，进攻清兵占据的潮州各县，夺取政府的物资供给郑成功的部队。

顾横记得，自己曾在现代历史资料中了解到，在康熙元年，郑成功进攻福建、广东，联合沿海的居民频繁骚扰清朝，使得清朝的军队疲于奔命。.

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