最后，东南亚战区则包括菲律宾省、越南省、南掌省、柬埔寨省、马来省、印尼省以及澳州。这个战区位于东南亚地区，是国家对外交流和贸易的重要窗口。

随后，朱由校任命了周遇吉、孙得功为北部战区正副中将司令；多尔衮、马祥麟、卢象升为东北战区正副中将司令，卢象升1主要负责日本地区；顾肇迹、潭弘业为南部战区中将正副司令；满桂、济尔哈朗为西南战区上将、中将正副司令。辛栋、祁秉忠为东南亚战区上将、中将正副司令。

在新设军区之后，朱由校又将陆军都督府与京军都督府合并为了陆军都督府。分别任命英国公张世泽、克勤郡王博尔济吉特·吴克善为左右都督。

完成陆军都督府的合并事宜之后，随即朱由校便将为日本准备的预备役部队二十万人新编成了136-155师，一股脑的被分派到了日本，加强了在日本的军事力量。同时，又给在日本督导作战的卢象升去了一封圣旨，要求其务必在天启三十年（1650年）完成日本征服战。为此，哪怕是将日本打成一片废墟都在所不惜。

除了兵力上的增加，未来几年内全国兵工厂生产的新式武器都将加强给驻日明军。不光如此，朱由校还暗示卢象升，在日明军可放开了打，什么烧杀辱掠、屠城、鸡犬不留等等朝廷都当看不着。并且许诺他，完成任务之时，便是他封侯之日。

朱由校之所以暗示卢象升，盖因其接任秦良玉之后的这段时间里，打的太文明了。诚然，驻日明军的军粮和军饷由日本地方的各种矿产支付，但是这场战争打的太久了，虽然明军二十多个师已经轮换了一轮，但毕竟是跨国作战，士兵思想日久，恐会生变。而且朱由校希望卢象升能从儒将蜕变成他想要的悍将，那种不达目的誓不罢休的那种。

卢象升的文官包袱还是太重了！

除了给在日本的卢象升下旨，朱由校还分别给东北、北部、西南、东南亚四个战区司令都去了一封圣旨。

并且与此同时，还详细地给出了四个战区在接下来的五年时间里的进攻计划。对于这期间具体的实施过程，无论是朝廷还是朱由校本人都不会去过问。这实际上就是一种变相的授权，给予了各个战区的司令们便宜行事的权力，让他们能够充分发挥自己的才能和策略，有机会在战场上大显身手。

尤其是在东南亚地区，自从郑成功在澳洲找到了一个合适的落脚点之后，仅仅两年时间里，明军就在澳洲展开了一系列的军事行动，造成了相当规模的杀戮。虽然没有确切的统计数据，但据不完全统计，截至天启二十五年（1645年）底，澳洲原住民的数量已经从最初的90万骤降至60万，而汉人移民的数量则从0迅速增长到了50万。

不仅如此，郑成功还在葡萄牙人的协助下，成功地抵达了南美洲的巴西，并在那里建立了数个重要的落脚点。这些成就无疑证明了郑成功的军事才能和领导能力，也不枉朱由校赐予他延平侯的爵位。

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