敕封罗桑曲结为“班禅”。

两人共同成为为藏区最高宗教领袖。

明朝的这一举措，对时局的影响极其深远。两位活佛的确立，得到了内外蒙古部落的极度认可，使得蒙古人首次在内心中将朱由校尊称为“天启汗”，也更加认可了大明王朝的统治，蒙古人的忠诚度直线上升。

除此之外，明廷废除了乌斯藏都司和朵干都司的世俗政权，宣布在拉萨成立西藏自治领。首任总督为镇远侯顾肇迹，正式开启了汉人政权统治西藏的历史。

在占领日喀则地区之后，明军并未停下脚步，直到天启十六年（1636年）六月，明军占领阿里地区，这才使得西藏二百多万土地全部归入了自治领的管辖之下。

随后，明廷正式开启了在自治领的统治。

首先，将金沙河以东的康区划归了四川省。两省以金沙江为界。随后，以唐古拉山脉为界，以北的划归青海，以南的归属西藏。最后，将原有的十三个万户府，变更为十三个府，并分别任命了各级官员。

在解决了领土问题以及建设地方官府之后，自治领衙门在西藏确立了无上的威望，毕竟七万驻军可不是吃素的。

为了在佛教信徒心目中种下大明王朝为尊的目的，得到朱由校密信的顾肇迹开始在自治领进行了改革。

首先，自然是废除了数千来年的农奴制度，解放了自治领的生产力，此举一出，获得了自治领无数农奴的热烈欢迎，也极大的加强了中央在自治领的声威。

其次，对土地进行了有限改革。

此时的自治领，大约有着三百万亩耕地。其中灭亡的藏巴汗家族占30．9％，贵族占29．6％，寺庙和上层僧侣占39．5％。

也就是说，人口仅占不到20%的上层人士占据了自治领100%的土地，而余下的80%均为农奴身份。

天启十七年（1637年）正月，为了明廷在自治领的统治能够稳固，政令能够得到有效的执行。总督顾肇迹召见了阿旺罗桑嘉措和罗桑曲结两位活佛，并向两人宣读了明廷的旨意。

两位活佛深明大义，自然无有不肯。

自治领土改正式开启。

首先，自治领将收缴自藏巴汗家族的九十多万亩耕地均无偿分给了所有的藏民，也就是原先的农奴，并给予了三年免税的优惠政策。

其次，按照寺庙规模大小，严格限制他们的庙产，废除并收回所有上层僧侣的私产，还产于民。

最后，按照贵族家族人口的多寡，同样严格限制了他们的耕地所有数量。

一番连削带打之下，有将近二百四十万亩耕地被自治领分配给了藏民手中。

当然，任何时期的改革都不可能一帆风顺，直至天启二十年（1640年）土改结束，数万贵族、僧侣不服王化，拒不执行中央指令，被自治领政府处以极刑。

至此，自治领彻底归心，成为大明王朝不可分割的一部分。

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