既然有叛乱，那还多说什么呢？平叛呗！朱由校立马下旨，山东济南的德王、兖州的鲁王、青州的衡王等三王，让他们开库房赈灾，并协助知府守好自己的王国，不得擅离王国半步。三王中德王系和衡王系都是出自成祖一脉，可以说与其他鲁王相比，与朱由校血脉比较接近的一方。

这代德王朱常洁“遵训守礼，谦恭孝义，通翰墨，娴弧矢，着训后七十二事”，曾经收到过万历皇帝的嘉奖，而地震发生之后就第一时间开仓放粮，很好的支援了知府徐从治的抗震救灾工作。而青州的衡王在白莲教爆发起义之后第一时间也是打开粮仓，招募民兵，配合官府积极备战。

鲁王朱寿鋐就没有另外两位亲王那么懂礼数了，其勾结官府，鱼肉百姓，与山东另一大祸害孔府同被尊称为山东二害。

孔子六十四代孙，衍圣公孔尚贤刚于天启元年卒于北京，因其无子，遂过继其弟孔尚坦独子孔胤植为嗣，该立其为第六十五代衍圣公。

可这鸟人，朱由校有点不喜，因为正是此人未来在明末，主动投降了满清，并第一时间率领族众威望族人率先剃发，并向清廷上奏了《剃头奏折》，可以说是个彻头彻尾的大汉奸。

曲阜县县令一职基本上就成了孔氏家族的囊中之物，他们伙同衍圣公家族，鱼肉百姓。史料记载，山东孔府在明初授封两千公顷良田，并配备了五百户佃农，可万历时期推行新政时，彻查出来的实际数量为1万公顷良田，十万佃农。二百年间，翻了五百倍的田产，以及两千倍的佃农数量。如果你有孔子之德也就算了，偏偏自明一朝，孔府视百姓如蝼蚁，动不动就杀几人，而朝廷还不能管，谁要是管下，就会遭到天下官员的唾骂。

为了剪除这两大祸害，还山东百姓以朗朗乾坤，朱由校在两年前就开始提早布局了。

当起义刚刚开始数日，朱由校就命新军第一、第二师一万六千人，开往了直隶省河间府景州一带，仅用时四日，就将盘踞在此的王好贤部三千余叛军消灭，俘虏了两万余教徒。将俘虏交由后续跟进的第三师押解往辽东后，两个师开展了为期三个月的清剿运动，计划准备彻底将白莲教在直隶一省的所有支脉彻底铲除。

与此同时，又命河南省新任巡抚李从心在组建豫军第一师的同时，派出原有卫所兵集结至鲁豫两省交界处，防止白莲教叛军顺势进入河南，祸害河南的百姓。因为朱由校知道，河南百姓受藩王之苦更甚山东。

又命山东巡抚赵彦组织兵马剿灭兖州一带的白莲教，并让登莱新练的军队随时做好入鲁西南平叛的准备。

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