不过，整编女真诸部并不容易，不仅女真三大部之间有着不少恩怨纠葛，即便是三大部里面的部族间也时常爆发冲突，因此要想让他们进行合作并不容易。

与海西女真和东海女真相比，建州女真内部的关系无疑是最好的，组成建州女真的火儿阿部、斡朵怜部和托温部相互间已经进行了很好的融合。

尤其是后来迁到建州的托温部，经过二三十年的发展已经完全融入到了火儿阿部和斡朵怜部，很难再以单独的一个部族出现。

因此，建州女真很快就托选建州卫指挥使李满住为主将统帅建州三卫的女真兵，建州左卫指挥使猛哥帖木儿为左副将，毛怜卫指挥使猛哥不花为右副将。

值得一提的是，猛哥不花是李满住的亲叔叔，也是火儿阿部的人。

海西女真和东海女真内部之间的关系则比较麻烦，海西女真因居地在东海之西而得名，分布在松花江下游的吉林扶余县至黑龙江阿城县一带。

东海女真是女真中比较落后的一部分，故冠又以“野人”之称，被称为“野人女真”，分布在黑龙江中下游两岸及乌苏里江以东。

换句话来，海西女真和东海女真是以其所活动的区域来划分的，相互间并没有什么联系，可以是不同的部族，并不是一个单纯的种族。

其中，海西女真有哈达、辉发、乌拉、叶赫四大部，四大部中又有山夷、江夷之分。

山夷依山作窟，即熟女真完颜种；江夷居黑龙江，即生女真。哈达、叶赫属山夷，而辉发、乌拉则属江夷。

东海女真也可分为萨哈连、火儿阿、瓦尔喀、库尔喀四大部，其中火儿阿部与建州女真火儿阿部同宗同族，一部分后来迁到了建州成为了建州火儿阿部。

明代的女真族是重新组合的民族，建州卫、毛怜卫的女真族多是渤海族遗民，受到汉人的影响从事农耕定居生活，种谷纺线，饮食服用，与汉族没有多大区别，因此相互间进行了很好的融合。

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