书院建筑既规整统一，又风格多样，但其建筑精神的主旋律非常清楚，就是体现了儒家传统思想，讲究左尊右卑、左庙右学、前低后高。

从书院整体上看，大小庭院排列有序；亭台楼阁，错落有致；建筑周围，有松、柏、竹、桐等；建筑东西两边，皆建有宽阔的园林，园中花草树木，姿态各异；池、亭、桥、廊，相应成趣；碑额诗联，精彩点缀，显得古朴典雅，意味深远。

不难看出，整座书院包涵着祭祀行礼、躬行践履、悠游山林三大功能，而礼圣殿、讲堂和东西园林，分别是礼仪、治学和游息的主要场所。

杨飞飏记得，有一次谢公子曾对他讲过，古人的建筑追求的是两个基本原则，一是体现礼仪之道；二是要有自然之趣。

游览了整个清源书院，杨飞飏觉得它很典型地体现古人建筑的这两个原则，书院在建筑的布局和整体设计上，很讲究符合礼仪之道，显得庄严肃穆、端庄凝重、平和宁静，着力从空间布局上来体现儒家的道德境界；在园林景色的设置上，则着力追求天人合一，顺应自然，书院依山傍水，走进书院后，能感受到一种清新的绿意，特别是书院东西两边的园林，曲径通幽，步移景异，其亭台桥阁、花草树木，无不体现着丰富的自然意趣。

杨飞飏在书院里走了一圈，便去拜见书院山长，说明来意，当日夜里，山长让人安排他于憩斋休息。

深夜，宁静清源书院，突然有一个黑影潜入，他由西边围墙翻墙而入，穿过礼圣殿庭院，进入了治学区，然后躲在树荫底下观察着，他看准了藏书阁，见四周没有人，他便飞跃至藏书阁二楼，打开门锁，闪了进去。

藏书阁里书很多，他仔细看了看各个书橱，特别是重点翻阅有木盒装的书，他把二楼书橱上珍贵的书翻了个遍，但是找不到他想要的。

黑影又摸到楼下，四处寻找，但是依然没有找到目标，他感到非常失望，又回到了楼上，仔细又把珍贵的书翻了一遍，依然一无所获。

这时，他想：“我不能白来一趟，必须取几本珍贵的书作纪念，否者，也太晦气了。”于是，他在一个豪华书橱里取下了唐文宗刻石经《孝经》《论语》《尔雅》收入囊中，然后轻手轻脚走出藏书阁，飞身下楼，沿着进来原路出了清源书院。

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